沸石分子篩容易吸濕。儲存時，不應直接暴露在空氣中，應放置在干燥的地方。長期存放并吸收水分的沸石分子篩在使用前應再生。
沸石分子篩避免油和液體水。油會堵塞分子篩的孔隙。特別是在再生過程中，有可能使油碳化并導致孔隙堵塞。對于含油天然氣，應在分子篩塔之前分離出油氣，油和水。由于沸石分子篩在水分吸附過程中釋放的熱量，當液態水直接與沸石分子篩接觸時釋放出大量的熱量。危險可能發生，或分子篩的性能可能受到影響。
當在再生開關期間帶有壓力的沸石分子篩塔工作時，塔的內部壓力應緩慢降低。如果減壓速度太快，沸石分子篩顆?？赡軙扑椴⒎鬯?。再生溫度越高，再生越安全，但同時再生的能量消耗越大，結果可以縮短分子篩的壽命。因此，再生溫度適合在200-350°C之間。再生溫度通常不應超過600°C，否則沸石分子篩可能會失去活性。

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